Vua Lê Thần Tông là vị vua triều Hậu Lê có rất nhiều điểm đặc biệt, như là người duy nhất ở ngôi 2 lần, có 4 con làm vua, hay lấy vợ người Hà Lan. Sự tích ra đời của ông cũng rất đặc biệt.Theo truyền thuyết lưu truyền từ thời Lê, vua Lê Thần Tông lại là hậu thân của một… ông lão ăn mày.Sách Tang thương ngẫu lục, kể lại nhiều sự tích những năm cuối thời Lê, đầu thời Nguyễn, của hai tác giả Phạm Đình Hồ và Nguyễn Án, kể lại:Vua Lê Kính Tông ở ngôi lâu năm, mà chưa sinh hoàng nam để lập làm Thái tử, thường cầu khấn trời đất quỷ thần mãi. Rồi hoàng hậu Trịnh Thị Ngọc Trinh (con gái chúa Trịnh Tùng) có mang, đến ngày lên giường cữ, mãi chưa sinh được, lòng vua lo lắng.Chợt vua chiêm bao thấy có người bảo: “Hoàng tử còn ở chợ Báo Thiên, hậu cung sinh mau sao được!”.Tỉnh dậy, vua sai nội giám thử ra chợ ấy dò xem. Chợ này xưa ở Tây Nam hồ Gươm, gần chùa Báo Thiên, khoảng khu vực phố Nhà Chung, gần Nhà thờ Lớn Hà Nội ngày nay.Bấy giờ vừa tang tảng sáng, chợ vắng tanh chưa có ai. Nội giám chỉ thấy dưới gầm phản hàng thịt, có lão ăn mày tóc bạc phơ, tuổi chừng 81, 82, đương nằm ở mặt đất mà rên hừ hừ, ngắc ngoải chờ chết. Nội giám vội chạy về tâu. Vua lại sai ra thăm hỏi xem.Sáng ra thì lão ăn mày chết mà giữa lúc ấy, trong cung hoàng hậu đã sinh ra hoàng tử. Việc sinh hoàng tử, đặt tên là Duy Kỳ được sử sách ghi lại vào năm 1607.
Sau này, vua Lê Kính Tông thấy chúa Trịnh Tùng chuyên quyền quá, lại biết con thứ của Trịnh Tùng là Trịnh Xuân tranh ngôi Thế tử với Trịnh Tráng, nên nhà vua bàn mưu với Xuân giết chúa, hứa quyền binh sau này sẽ trao cho Xuân.Tuy nhiên vụ binh biến của Trịnh Xuân và thuộc hạ là Văn Đốc không thành, Văn Đốc bị bắt, Trịnh Xuân bị tước quyền bính, bị giam vào phủ, vua Kính Tông đành treo cổ tự tử.Lúc này, trong tôn tộc nhà Lê còn có cháu đích của vua Lê Anh Tông, con Bản quốc công Lê Bách là Cường quận công Lê Duy Trụ lấy con gái của thế tử Trịnh Tráng, cũng có ý muốn lên ngôi. Hoàng hậu Ngọc Trinh mới khóc với chúa, là cha của mình rằng: